厚生労働省では、時間外労働は本来臨時的なものとして必要最小限にとどめられるべきものであり、特別条項付き協定による制限時間を超える時間外労働は、その中でも特に例外的なものとして、労使の取組によって抑制されるべきものである、と考えています。
そこで、特別条項付き協定を結ぶときは、以下のような対応が必要となりました。
| （１） | 限度時間を超えて働かせる一定の期間（１日を超え３か月以内の期間、１年間）ごとに、割増賃金率を定めること |
| （２） | （１）の率を法定割増賃金率（２割５分以上）を超える率とするよう努めること |
| （３） | そもそも延長することができる時間数を短くするよう努めること |
このうち、（１）は必ず行わなければなりません。賃金に関する定めなので、就業規則の変更も必要です。（２）及び（３）は、現在のところ努力義務とされています。
